首先是西王母和周穆王之间的故事，约发生于公元前10世纪。偏安一隅的西王母拥有长生之术，周穆王拜访，得到长生之术，活了一百多岁死前使用了长生之术。《盗笔》正传、《沙海》、《重启》中都有涉及。
然后是鲁殇王盗墓盗到了周穆王的墓，在铁面生的谋划下穿上玉俑，服下丹药。铁面生黄雀在后，在鲁殇王死后把尸体拖出来，自己钻进玉俑筹谋复活。
然后故事到了明代，汪藏海走遍神州东西南北，了解了永生秘密的始末，但被女真的万奴王抓去建造云顶天宫。
张家这个家族一直致力于保护永生秘密不被世人所知，家族发展壮大。张家人体质特殊且从小训练有素，因此以占据重要位置为手段控制历史重大事件的走向，但家族一直处于低调状态。与此同时汪家则以探究永生秘密为目标，以占据社会各行业基层的方式控制历史事件走向，家族成员同样训练有素，同样处于低调状态。由于某一任张家族长认为张家应该曝露于阳光下，有利于发挥家族影响力，因此张家的存在被汪家所知。自此开启两个家族围绕永生秘密上千年的争斗，主要由《藏海花》和《沙海》涉及两家秘辛。
随后时间到20世纪，张启山十几岁时东北沦陷，张启山父亲这一支离开张家大本营长白山，集体出逃至长沙发展，这里开始就是《老九门》的故事。
时间行至20世纪50年代，裘德考骗走吴家盗取的长沙血尸墓中的战国帛书，并将整条产业链成员举报。此时老九门发展的过于旺盛，已经超出了地头蛇的范畴，遭到统治阶级高层的镇压。同时老九门核心成员对永生秘密的了解逐渐增多，也因此知道了张家和汪家的存在，因此即将被汪家出面抹杀。张大佛爷知情后忍痛对老九门实行“弃车保帅”政策，主动清洗了老九门大部分成员，但借此保存了老九门的部分有生力量。这里基本就是最主体老九门故事的结束。
随后保护永生秘密的张家为统治高层所知，统治高层迫使老九门出山探查。这是第一轮考古行动，包括在上一轮清洗后活下来的老九门第一代成员及张起灵。此时得知张家古墓以迁至广西巴乃，但进入张家古楼需要实时获取进入的密码，答案在四川四姑娘山。在开掘四姑娘山过程中损失惨重，张起灵负伤，老九门的第一代活动基本宣告结束。
八十年代，老九门第二代已经成长为有生力量，包括但不限于第三门之后李四地，第四门之后陈文锦，第五门之后吴三省，第七门之后霍玲，第八门之后齐羽，第九门之后解连环。于是统治阶级开始迫使老九门第二代在此前得到的信息的基础上继续探秘。
庞大的第二阶段结束于《藏海花》，吴邪终于知道了张家和汪家的区别和各自目标。自此，一张庞大的关系网部署完毕。第三阶段，即整体故事的高潮开始于《沙海》前，吴邪开始构思反攻汪家的计划，并着手部署同伴各自的任务线。黎簇、苏万、梁湾相继入局，在小花、秀秀、黑瞎、胖子、蓝袍僧人等人的帮助下将情结向着吴邪的反攻计划推进。
